Si la demande de financement est acceptée, le service en charge du FPT édicte une décision à l'intention de la personne ou de l'institution responsable du projet. Cette décision détermine, sur la base de la demande, le montant octroyé, les différentes prestations à fournir ainsi que l'échéancier du projet. A noter que les étapes figurant dans la demande sont contraignantes et que chaque versement du FPT est subordonné à la réalisation d'au moins un objectif intermédiaire. Un controlling est effectué pour garantir que le requérant a fourni les prestations et atteint les objectifs intermédiaires convenus en temps voulu.
Une partie du montant octroyé n'est versée qu'une fois le projet achevé. Ce dernier paiement intervient lorsque le service en charge du FPT a approuvé le rapport et le décompte finaux.